Nazwa Wawer pochodzi od nazwy karczmy Wawer, przy której wyrosła kolonia o tej samej nazwie. Najstarsza wzmianka o karczmie pochodzi z 1727 roku, kolonia Wawer powstała w 1838 roku (oraz Czaplowizna i Sadule), pierwsi osadnicy pojawili się w niej w 1839 roku. Podczas powstania listopadowego rozegrały się tutaj na początku 1831 roku pierwsza i druga bitwa wawerska. W nocy z 26 na 27 grudnia 1939 Niemcy dokonali zbrodni w Wawrze. W 1951 roku Wawer został przyłączony do Warszawy.
Zmiany terytorialne i administracyjne
Od 1866 r. cały teren obecnego Wawra stanowił jedną z dwudziestu gmin ówczesnego powiatu warszawskiego. Do gminy Wawer należały wówczas m.in. Wawer, Wygoda, Glinki, Czaplowizna, Zastów, Kaczy Dół (dziś Międzylesie), Stara Miłosna, Kawęczyn, Grochów, Gocław, Gocławek, Saska Kępa i Witolin.
W 1916 roku podczas I wojny światowej po wyjściu Rosjan z Warszawy niemiecki gubernator Hans von Beseler wydał „Rozporządzenie dotyczące rozszerzenia warszawskiego okręgu miejskiego i wykonania planu dla zabudowania miasta Warszawy”. Zostały wtedy m.in. przeniesione z Wawra do Warszawy folwark i wieś Grochów I-szy, folwark i wieś Grochów II-gi z Florentynowem i Emilianowem, wieś Kozia Górka, teren wsi Kawenczyn, wieś Saska Kępa, Gocławska Kępa, folwark Kamionek, wieś Gocław i południowa część łąk folwarku Gocławek, wieś Górki Grochowskie i kolonia Witolin.
W 1924 roku utworzono gminę Letnisko – Falenica, do której z gminy wiejskiej Wawer został przeniesiony Anin, a np. z gminy wiejskiej Zagóźdź m.in. Kaczy Dół (obecnie Międzylesie). W 1939 roku Anin znalazł się ponownie w gminie Wawer, jak również Międzylesie. Ponadto ze zniesionej wtedy gminy Zagóźdź przeniesiono do Wawra gromady Las, Zbytki, Zerzeń, Zastów i Nowy Wawer (pozostałe do Letnisko Falenica), z kolei z Wawra do Bródna gromadę Kozia Górka. Z części gromad należących dotąd do gmin wiejskich Wawer i Okuniew utworzono gminę wiejską Sulejówek, z części Wawra gminę miejską Rembertów.
W 1951 roku gmina Wawer została zniesiona, a prawie cały jej obszar wraz z częścią dotychczasowej gminy Falenica Letnisko zostały przyłączone do miasta stołecznego Warszawy jako dzielnica Wawer z siedzibą w Falenicy. Pominięto jedynie gromady Miłosna Stara (włączoną do gminy Sulejówek) oraz Pohulanka (włączoną do gminy Wiązowna). Z Falenicy Letnisko przyłączono wtedy do Wawra m.in. gromady Radość, Miedzeszyn, Wólka Zerzeńska, Zagóźdź.
W 1960 roku Wawer włączono do dzielnicy Praga Południe. W 1994 roku Wawer pojawił się na mapie Warszawy ponownie, jako gmina (Warszawa – Wawer), obok. m.in. gminy Centrum z Pragą Południe. W 2002 roku gmina Wawer została przekształcona w dzielnicę.
Zmieniały się również siedziby władz, na ogół znajdujące się poza osiedlem Wawer.